Lors des guerres de religion, Laguépie était protestante, aux côtés de Saint Antonin et Verfeil. En répression, en 1592, le baron de Laguépie Jacob de Malroux fut pendu à une fenêtre du château, celui-ci étant dévasté, par les troupes catholiques du duc de Joyeuse. Puis, en 1602, l'église fut brûlée par les protestants, puis reconstruite en 1634, et agrandie par la suite. Pendant la Révolution, le château fut à nouveau pillé et dégradé.
En 1809, après la création du département du Tarn-&-Garonne, le canton rouergat de Saint Antonin fut rattaché à celui-ci. Depuis lors la rive droite du Viaur est Tarn-&-Garonnaise, et la gauche Tarnaise.
Aujourd'hui, Laguépie est une belle petite ville, nichée autour du confluent de l'Aveyron et du Viaur. Les industries et les commerces y sont toujours très présents, les terres des alentours étant consacrées principalement à l'élevage.
Les amateurs d'histoire occitane pourront se reporter à deux ouvrages de qualité :
- " La Baronnie de La Guépie " par l'Abbé J B Bouyssier et Raymond Granier ;
- " Al Canton de Sent Antonin, de La Guépia a Casals " par Daniel Loddo et Christian-Pierre Bedel (ce dernier ouvrage donne de larges extraits des textes d'époque en occitan) Trad en oc :La Guepia